I lavori del tempio iniziarono nel 1519 (la prima pietra venne posata dal canonico Mattia Ugoni, futuro vescovo di Famagosta) e nei due anni successivi si raggiunse il tetto. Tra il 1531 ed il 1534 venne costruita la sagrestia e si mise mano al chiostro. Entro la fine del 1534 presero il via anche i lavori per la parte superiore dell'edificio destinato al noviziato e possiamo indicare il 1541 come data entro cui il grosso del lavoro poteva dirsi concluso.
La facciata, costituisce un rarissimo esempio di conservazione di spazi urbanistici originali rinascimentali in quanto è molto costretta fra le alte case del quartiere medievale e poco visibile nella sua interezza è coronata da tre pinnacoli in cotto cinquecenteschi (visibili da piazza della Loggia) di ispirazione gotica. Il portale, della stessa epoca, è opera di Stefano Lamberti.
L'interno si articola su un impianto longitudinale, senza transetto, a tre navate, simile alla chiesa di Santa Maria del Carmine. La navata centrale, molto alta, è coperta da una volta a botte decorata da un continuo motivo geometrico a riquadri in stile prettamente rinascimentale, così come lo è il rimanente impianto decorativo della chiesa. Nelle navate laterali, invece, la copertura è ancora affidata alle gotiche volte a crociera, addirittura con i costoloni e la chiave ben sottolineati attraverso una differente colorazione, segno dunque del forte tradizionalismo delle maestranze e della difficoltà a recepire le nuove tecniche costruttive già ormai radicate in altri luoghi, come in Italia centrale e a Milano.
Le due navate laterali, inoltre, sono di larghezza inferiore alla centrale e sono delimitate da una fitta serie di cappelle laterali dedicate a svariati santi, mentre diverse hanno funzione di sepolcro. L'abside, che poggia sopra una cripta ben visibile dalle navate, è fortemente rialzata, tanto che per accedervi è necessario salire per una vera e propria scalinata. Ciò e dovuto al fatto che il progetto della chiesa, molto esteso, avrebbe compreso anche l'occupazione di un vicolo privato proprio nella zona dell'abside. Il proprietario del vicolo, un nobile, a quanto pare non avrebbe dato il permesso di costruirgli sopra e quindi, pur di non modificare il progetto, l'abside fu rialzata e la cripta sottostante accorciata in modo da scavalcare la stradina e permettere il passaggio su di essa attraverso una piccola galleria al di sotto della chiesa. Ciò non è più evidente, visto che il vicolo in questione non esiste più, ma la chiesa possiede ancora la stessa conformazione: abside molto rialzata e cripta sottostante visibilmente più corta rispetto a esso.
Il patrimonio pittorico della chiesa costituisce una carrellata dell'arte bresciana dal Cinquecento al Settecento (Francesco Paglia, Floriano Ferramola, Pietro Scalvini, Camillo Rama, Pietro Avogadro, Sante Cattaneo, Pier Maria Bagnadore, Antonio Dusi, Luca Mombello, Antonio Gandino). Le numerose cappelle ospitano una vasta quantità di tele, alle quali si accompagnano affreschi parietali, stucchi e altri inserti decorativi, frutto di una stratificazione secolare. Alle pareti delle navate laterali sono appese le quattordici stazioni della Via Crucis di San Giuseppe, eseguita nel 1713 da Giovanni Antonio Cappello.
Si consiglia di verificare la corrispondenza degli orari di apertura contattando direttamente la struttura.
