Il percorso espositivo si snoda lungo un sistema continuo di vetrine ottocentesche contenenti materiali dal Paleolitico al Medioevo e descrive uno straordinario tracciato cronologico che, attraverso le testimonianze della vita materiale, permette di seguire le vicende storiche della città e del suo territorio.

Anche la sezione etnologica, con i suoi reperti di provenienze extraeuropea, si riallaccia strettamente alla genesi del Museo Civico e all'affermarsi delle teorie antropologiche comparative, che ampio contributo hanno dato alla nascente disciplina della paletnologia.