Il museo, diviso su tre livelli ospita diverse collezioni che testimoniano la nascita e lo sviluppo del centro amerino, dalle origini preromane fino alla sua definitiva cristianizzazione. Al piano terra quindi sono ospitati i reperti più antichi; al primo piano, oltre alla presenza della statua bronzea con ritratto di Germanico, si trovano le testimonianze del periodo romano di Amelia, con iscrizioni e stele che coprono un periodo che va dal I secolo a.C. fino al II secolo d.C. Per finire, al secondo piano, si trovano la sezione archeologica altomedievale e la pinacoteca con opere databili dal XV al XVIII secolo.

Nel 2001, durante uno scavo edilizio, è stata scoperta una necropoli, non lontana da via I Maggio, risalente al IV secolo a.C. Gli oggetti ritrovati sono ora conservati nella sezione preromana del Museo civico. Le tombe ritrovate potrebbero essere appartenute a persone nobili: lo si ricava dalla manifattura e dalla ricchezza dei resti preziosi rinvenuti come accessori per la cura della persona (specchi, pinzette, pettini per sopracciglia), ornamenti (orecchini, anelli preziosi) e altri oggetti di uso quotidiano (caraffe). Sono stati ritrovati, inoltre, dei piccoli vasi di varie grandezze, usati a contenimento dell'olio per alimentare le lucerne, gli askos. Nella stessa sezione del museo si trova lo scheletro di un cane, mancante di alcune parti; venne trovato vicino alla sepoltura di un bambino.

Tra le pitture pregevoli spicca per importanza e raffinatezza di esecuzione la tavola raffigurante Sant’Antonio Abate dipinta da Piermatteo d’Amelia, uno dei grandi maestri umbri del Rinascimento.