La chiesa di Sant'Agata nel Carmine o Sant'Agata del Carmine è posta nella parte alta della città di Bergamo, con la facciata principale rivolta sulla via Bartolomeo Colleoni, nel tratto che da piazza Vecchia porta alla Cittadella viscontea. La chiesa di Santa Agata venne sconsacrata durante l'occupazione napoleonica del 1797, scomunica che venne poi annullata nel 1799 con un decreto che la innalzava a parrocchiale con la nuova intitolazione: chiesa del Carmine, in onore dei padri carmelitani del monastero adiacente soppresso e adibito a carcere, e con la chiusura della piccola chiesa di Santa Maria Annunciata, diventando quella che è la chiesa di Sant'Agata nel Carmine.

L'interno a unica navata, ha cinque cappelle per lato. Nella prima di sinistra vi è oltre una cancellata l'ancona dell'Immacolata opera di Jacopino Scipioni, proveniente dal convento di San Francesco.

Le cappelle laterali contengono pale e pitture dei miglior artisti bergamaschi del XVI e XVII secolo: la presenza del Salmeggia con la pala denominata Martirio di sant'Agata e quella della Madonna col Bambino e santi Simone Stock, Caterina da Siena e Gregorio Magno e un'opera della figlia Chiara Salmeggia. Dello Zucco la pala Santa Maria con due angioli datata 1625, e del Previtali. La cappella più importante è quella detta Cappella Juvarra dal nome dell'architetto che l'ha progettata. I medaglioni della volta sono opera di Vincenzo Angelo Orelli mentre i dipinti sono di Giuseppe Brina, e la pittura sopra la porta è la sola rimasta di Giuseppe Assonica, e una Natività della Vergine opera di Pietro Ronzelli.

Il chiostro, che era chiamato claustro venne costruito nel XIV secolo con il rifacimento della chiesa quattrocentesca, completo delle celle e la sala capitolare, anche se vi sono tracce nei capitelli del primo piano di un chiostro di fattura precedente. Fece poi parte del monastero dei padri teatini risalente al 1608, che fu soppresso nel 1797 chiudendo anche la piccola chiesa di Santa Maria Annunciata. Nel XIX secolo venne modificato e adibito a carcere su progetto del 1802 di Leopoldo Pollack.