La facciata a capanna della chiesa si presenta in stile neoclassico e suddivisa in due fasce orizzontali da una massiccia trabeazione. La fascia inferiore è scandita da sei paraste ioniche che poggiano sul basamento lapideo, mentre la fascia superiore presenta quattro paraste corinzie che reggono la trabeazione e il frontone dentati. Nella fascia inferiore si trova il portale d'ingresso, sormontato da un piccolo timpano, mentre in quella superiore si trovano al centro una grande finestra che illumina lo spazio interno e ai lati due nicchie, ove si trovavano un tempo le statue dei santi Pietro e Paolo, opera dello scultore Giovanni Angelo Finali.

La chiesa è caratterizza da un'aula rettangolare a navata unica, con presbiterio rialzato di tre gradini rispetto al resto dello spazio. Lungo le pareti laterali si aprono ben dieci cappelle, cinque per ogni lato, di cui le maggiori si trovano in prossimità del presbiterio: la cappella Giusti, a sinistra, e la cappella Marogna, sulla destra. Oltre che dalle cappelle cui si accede tramite archi a tutto sesto, queste pareti sono scandite da paraste corinzie, su cui si poggia la trabeazione sommitale. L'aula e il presbiterio hanno coperture in incannucciato a volta a botte costolonate e unghiate in corrispondenza delle aperture.

Elemento di grande valore è la cappella rinascimentale della famiglia Marogna, cui si accede tramite un vestibolo rettangolare e il cui ingresso è segnato da una balaustra e da due colonne corinzie. Il monumentale ingresso è previsto tramite un arco trionfale in pietra tenera, mentre lo spazio della cappella si sviluppa su due campate voltate. Sulla parete di fondo si trova la pala detta "argentea" poiché giocata sui toni del grigio (ma anche del bruno), opera del noto artista Paolo Caliari, più famoso come il "Veronese": la tela, dipinta nel 1565, rappresenta la Madonna, il Battista e Sant'Antonio da Padova che presenta i due donatori Marogna. Gli affreschi delle volte e delle pareti furono invece eseguiti da Paolo Farinati nel 1569, con richiami o comunque influenze da parte delle opere di Michelangelo e del Parmigianino.

A terminare la chiesa, infine, posto sul fondale dell'abside piatto, si trova una pala di Giovanni Caroto, datata e firmata con un «MDXIII Joannes», rappresentante la Madonna in trono col Bambino sulle ginocchia e ai lati i Santi Pietro e Paolo. Le figure sono sistemate sotto un porticato rinascimentale dotato di un'accentuata prospettiva.