Il Museo possiede un cospicuo patrimonio costituito dalle collezioni etnografiche (carretti, modellini di barche, cultura materiale) e dalle collezioni naturalistiche (paleontologiche, malacologiche, entomologiche, ornitologiche e dei mammiferi) acquisite da tempo al Demanio Regionale, oltre che da reperti archeologici marini e terrestri rinvenuti durante le campagne di scavo sul territorio.

Si tratta dunque di un Museo multidisciplinare articolato in tre sezioni tecniche: Archeologica, Etnoantropologica, Naturalistica, quest’ultima comprendente un settore geopaleontologico.

Nelle more di una definitiva sistemazione museografica, lo spazio espositivo si è sviluppato lungo un percorso che documenta la storia culturale e naturale dell’Isola.