Cristoforo Baschenis il Giovane (Averara, 1561 – 1626) è stato un pittore italiano.

Era figlio di Antonio, del ramo dei Cristoforo della famiglia di pittori di Averara. Antonio affidò nel 1572 al fratello Cristoforo Baschenis il Vecchio pittore, il figlio Cristoforo perché imparassse aliquam artem, da qui la distinzione dei due pittori, Cristoforo divenne il giovane.

Malgrado non si conosca la sua data di nascita si ritiene fosse nato nel 1561 probabilmente ad Averara, venendo indicato come ventisettenne nel 1588. Si formò alla scuola dello zio dove rimase cinque anni facendo poi ritorno ad Averara. Nel 1583 risalgono gli affreschi di Cusio, del 1592 risultano i pagamenti degli affreschi andati perduti di Colognola, mentre documentati nel 1607 le pitture per il chiostro di Monastero di San Benedetto. Affrescò nel 1604 palazzo Vacis ad Ossanesga, ma anche questi sono andati perduti.

Cristoforo Baschenis il Giovane morì nel 1626, la sua salma venne sepolta nella chiesa di santa Maria delle Grazie di Bergamo.