Il museo presso la Chiesa di S. Ignazio di Loyola, raccoglie opere provenienti da diverse chiese della città, in gran parte custodite, fino al 1998, nel Museo civico. Nel 1999 il Ministero dei Beni Culturali autorizzò la restituzione dei beni artistici alla Diocesi di Carpi, che curò l'allestimento di una nuova sede museale nella chiesa di Sant'Ignazio.

L'esposizione è collocata in alcuni spazi della chiesa e nelle due sacrestie. Lungo le navate e dietro il coro alcune vetrine ospitano paramenti e arredi sacri, come calici e ostensori, reliquiari in rame del XVI secolo, oggetti in argento dal XVII al XIX secolo, vassoi in ottone per la raccolta delle elemosine del XV secolo, scagliole e piccole sculture.

In una sacrestia sono collocati i dipinti più antichi, con alcune pale d'altare di Giovanni Andrea Danducci, Ippolito Scarsella, Bonaventura Lamberti, Francesco Stringa, e gli antifonari del Duomo risalenti al 1515 - 1534. L'altra sacrestia accoglie le opere pittoriche dell'Ottocento, con alcune tele di soggetto sacro di Adeodato Malatesta.