La Quadreria contiene un centinaio di opere. tra le più importanti: Alessandro Bonvicino detto il Moretto, Romanino, Andrea Celesti, Salloni, Vincenzo Foppa, Antonio Vivarini, Savanni, Paglia e altri, oltre a una preziosa raccolta di ex voto settecenteschi. Tra le sculture ricordiamo un interessante crocifisso di Maffeo Olivieri.

La parte dedicata all'oreficeria segue sia il criterio scientifico – artistico che quello didattico: offre 121 oggetti costituiti per la maggior parte da argenterie, metalli e legni lavorati, che vanno dall'epoca medievale fino a tutto il XVIII secolo. La comunicazione avviene attraverso pannelli didattici che raccontano storia e funzione degli oggetti e segnalano quelli di maggior pregio artistico e storico; ogni singolo oggetto è poi corredato da brevi note riguardanti la fattura, l'epoca e la provenienza.

La sezione dei codici miniati è stata studiata per poter apprezzare i testi antichi e per conoscere la preparazione e la lavorazione attraverso un attento percorso didattico e pannelli esplicativo. La sezione ospita ventun codici che vanno dal 1100 alla metà del 1400, esposti in base ai più moderni criteri di protezione e conservazione.