Attualmente il museo si compone di cinque sale (e due sale più piccole) che facevano parte anticamente del refettorio monastico e dell'appartamento dell'abate. L'allestimento in maniera didattica conduce il visitatore a comprendere lo svolgimento della vita dei monaci della badia e la funzione religiosa, sociale ed economica del monastero nel territorio: il coro e la preghiera corale dei monaci, il refettorio e gli usi alimentari monastici, la sala capitolare e l'organizzazione economica delle proprietà fondiarie e manifatturiere, l'ospedale e l'assistenza ai viandanti sono i temi che emergono dal percorso espositivo. Un aspetto valorizzato dall'allestimento è anche l'illustrazione del sentimento della religiosità popolare e delle forme nelle quali esso si esprimeva in passato. Dopo i necessari interventi di restauro è in fase di studio l'allestimento di una sesta sala che esporrà alcuni arredi e dipinti provenienti da altre chiese della vallata.

All'interno della Badia l'appartamento che si può ancora visitare è la così detta residenza dell'Abate. Tra i libri ed i documenti esposti, alcuni volumi di Agnolo Firenzuola fra cui la prima edizione delle Prose (1548) e delle Rime (1549). Per il resto la visita al monastero si articola come un percorso atto ad illustare la vita quotidiana dei monaci nei secoli passati.