Sezione Archeologica
La sezione archeologica si trova al piano terra del chiostro. Essa si apre con il lapidario posto nel giardino davanti al museo. Nell'interno sono mostrati reperti preromani a partire dal Paleolitico, provenienti dal territorio provinciale; sono poi esposte terrecotte e ceramiche provenienti dalle città sannitiche di Caudium e Telesia, messe a confronto con contemporanee opere daune e della Magna Grecia, dei secoli dall'VIII al IV circa. Inoltre vi sono copie romane di statue greche (tra cui il Doriforo di Policleto), statue ellenistico-romane, nonché le statue dell'imperatore Traiano e della moglie Plotina e rilievi a tema gladiatorio. Tuttavia, il patrimonio più importante è forse quello della Sala di Iside, posta in un'ala moderna del museo, ideata nel 1999 dagli architetti Ezio De Felice, Eirene Sbriziolo e Roberto Fedele. Qui sono raccolti reperti egizi e neoegizi provenienti dal tempio alla dea fatto erigere da Domiziano. Fra questi, statue di sacerdoti, dello stesso imperatore, simulacri di divinità, falchi, leoni, un obelisco del tempio. Infine, nel chiostro sono esposte lapidi funerarie.
Sezione Medievalistica
La parte più importante della sezione sono le Sale della Langobardia Minor, dedicate al periodo longobardo di Benevento. Qui si trovano numerosi resti architettonici e iscrizioni in caratteri paleocristiani, nonché spade e asce da guerra, utensili da lavoro, gioielli in oro, argento, osso. Sono inoltre conservate monete della zecca principesca nella Sala del medagliere, in una più ampia sezione numismatica che raccoglie altre monete greche, bizantine, pontificie, napoletane. Al primo piano, nella Loggia dei Leoni sono esposte opere scultoree e frammenti architettonici romanici, in particolare pulvini e capitelli. Sullo stesso piano, poggiata sul porticato del chiostro, si trova la Terrazza degli Stemmi.
Sezione Artistica
La sezione è costituita principalmente da una Pinacoteca che mostra opere di artisti prevalentemente locali. Il Rinascimento è rappresentato dal pittore Donato Piperno; le Sale del Barocco con opere di Luca Giordano, Carlo Maratta e Francesco Solimena, adornate da mobili e ceramiche d'epoca, sono incentrate sul Seicento napoletano. Nella Sala dell'Ottocento ha grande rilievo l'opera dell'acquarellista della Scuola di Posillipo Achille Vianelli. Nella Sala del Novecento, dedicata esclusivamente alle opere figurative, compaiono opere di Corrado Cagli, Renato Guttuso, Mino Maccari, Emilio Greco e Francesco Messina. Particolare è il bassorilievo raffigurante la danza delle streghe sotto il noce di Benevento di Pericle Fazzini. Il Gabinetto dei disegni e delle stampe conserva disegni dei secoli XVI - XIX, tra cui vanno menzionati una copia della Leda di Leonardo da Vinci di un anonimo romano e una veduta dell'Arco di Traiano di Giovan Battista Piranesi. Infine alcune opere sulla storia locale ornano l'Auditorium.
Sezione Storica
Ospitata nella Rocca dei Rettori, ripercorre la storia di Benevento attraverso documenti ufficiali d'epoca ed altri oggetti che vi si riferiscono: pergamene di Falcone Beneventano, editti papali, la dichiarazione di Talleyrand della presa di possesso di Benevento, insieme a busti di personaggi, armi incisioni. Particolare rilievo è dato al Risorgimento a Benevento e ai patrioti sanniti. Sono conservate alcune camicie rosse. Al piano superiore si trovano oggetti provenienti dalla tradizione popolare dei secoli XVIII e XIX: vestiti, ceramiche, utensili e un presepe secentesco.
