Il Museo, suddiviso in varie sezioni, raccoglie un'abbondante e originale documentazione riguardante la colonizzazione umana della Bassa Padovana, territorio che si estende nella fascia compresa tra i Colli Euganei, a nord, l'Adige, a sud, e confina ad ovest con il veronese.

Accanto alle sezioni cartografica, delle ceramiche medievali e della preistoria, sono presenti quelle della ruralità, con un'ampia esposizione di oggetti e attrezzature del lavoro e della vita quotidiana, patrimonio della nostra società contadina, fino al momento della totale meccanizzazione agraria.

Il Museo offre, a completamento del materiale esposto, anche una nutrita collana di pubblicazioni e ricerche, nonché documenti cartografici, sia antichi che moderni, e manoscritti conservati nel proprio archivio che risalgono fin anche al quattordicesimo secolo.