Di particolare interesse, per la natura locale del museo, è la Sezione epigrafica, ricca di ritrovamenti relativi alla vita pubblica della citta. Delle lapidi esposte, che documentano la storia dell'Aletrium di epoca romana, va ricordata in particolare l'epigrafe di Lucio Betilieno Varo (seconda metà II secolo a.C. - inizi I secolo a.C.), rinvenuta nel Settecento in piazza Santa Maria Maggiore, che descrive l'opera di riordino urbanistico voluta dal magistrato nel II secolo a.C. che finanziò moltissime opere pubbliche per la città di Alatri.

Nella Sezione demoantropologica è esposta una collezione privata concessa in comodato d'uso al comune di Alatri da Antonio Gambardella, costituita da circa 1000 strumenti e attrezzature della tradizione agricola e artigianale del Lazio meridionale, che ha integrato nel 2002 il primitivo nucleo originario di circa 150 oggetti della precedente sezione "etnografica".