Entrati nella chiesa del complesso conventuale, oggi sala I del museo, ecco subito la Madonna col Bambino (attribuita al Sassetta), legno policromo prodotto in Umbria nel XIII secolo e, a questa contrapposta, il busto femminile in argento dorato, opera del basso medioevo siciliano. Quindi oggetti in avorio, gioielli antichi, paci, smalti limosini, croci e crocifissi.
Le miniature occupano la sala II , da cui si passa al primo piano interamente dedicato alla quadreria ad eccezione della sala III , di assesso, dove appare ordinato il nucleo archeologico. Superba la testa in calcare giallo proveniente con ogni probabilità dal tempio di Idalion, opera cipriota databile al V secolo a.C.
Quindi nella sala IV , le tavole due, tre e quattrocentesche, con vertici altissimi: Lippo di Benivieni, Bernardo Daddi, Pietro Lorenzetti, Bartolo di Fredi, Lippo Memmi, Paolo di Giovanni Fei, Sassetta, Sano di Pietro, Bicci di Lorenzo, Vincenzo Foppa, Benedetto Bembo, Alvise Vivarini, Colantonio. Per il Cinquecento si segnala la piccola rassegna dei ritratti dove spiccano un presunto Autoritratto del Pontormo, il Ritratto di Gentiluomo di Tiziano ed il dipinto di Gentile Bellini, ospitati nella sala VII.
I Caravaggeschi occupano una sezione cospicua nella sala IX, dedicata al Seicento, così come Venezia ed i suoi grandi interpreti spiccano fra i dipinti settecenteschi della sala X: il nitore teatrale e scenografico di Michele Marieschi, l'equilibrio formale di Canaletto, i cieli vasti di Bellotto e le tremule e offuscate vedute di Francesco Guardi.
Al secondo piano, nella sala XI, i bronzi, ottimamente rappresentati: Severo Calzetta da Ravenna, il Riccio, l'Antico, il Moderno, Niccolò Roccatagliata, Ferdinando Tacca e gli ambiti o le botteghe di Baccio Bandinelli, Ammannati, Giambologna.
Fra i vetri si segnala il nucleo archeologico nella sala XII, nel quale troviamo la rarissima piccola bottiglia a bande d'oro di produzione imperiale, e quello settecentesco. Quindi i cristalli di rocca, le maioliche, i coralli, le casse in pastiglia, le terrecotte.
In conclusione la sala XIII o delle nature morte, prevalentemente seicentesche: Fede Galizia, Cristoforo Munari, Cagnacci, il serico e scontuoso tessuto che fa da sfondo al liuto di Evaristo Baschenis o della sua cerchia.
