Ha sede dal 1951 nel castello visconteo che era stato ceduto al comune di Pavia nel 1933 da parte dello stato, fu scelto per la grande mole di materiali ritrovati in scavi programmati o in sventramenti e distruzioni del complesso urbano che prima si trovavano nello Stabilimento di Belle Arti Malaspina. Vero padre fondatore del Museo è ritenuto il Marchese Luigi Malaspina di Sannazzaro,illuminista (1754/1835).

Le opere sono ordinate per scuola pittorica di appartenenza: quelle regionali italiane e quelle straniere. Il percorso ha inizio con la scuola veneta, rappresentata da capolavori di Giambono, Giovanni Bellini, Cima da Conegliano: si segnala l’intenso Ritratto d’uomo attribuito ad Antonello da Messina. Ben rappresentate anche la pittura toscana e quella emiliana, che annovera una deliziosa Sacra Famiglia di Correggio e un’opera giovanile del Garofalo. A testimoniare la scuola d’Oltralpe sono capolavori come la Madonna con il bambino di Hugo van der Goes e il ritratto di Re Francesco I di Jean Clouet.

Il nucleo più cospicuo è tuttavia costituito da opere lombarde, tra cui la famosa Pala Bottigella di Vincenzo Foppa, maestro della pittura rinascimentale lombarda, e la stupenda tavola Cristo portacroce e i dieci certosini eseguita da Ambrogio da Fossano per la Certosa di Pavia: la facciata della Certosa sullo sfondo dell’opera è di notevole interesse per lo studio delle fasi costruttive del monumento. La sala della torre, che segue, ospita il modello ligneo del Duomo di Pavia, uno dei più grandiosi modelli lignei rinascimentali ancora conservati, realizzato da Giovan Pietro Fugazza a partire dal 1497.

La Pinacoteca del Seicento e Settecento accoglie opere provenienti per lo più dal legato Malaspina e dalle raccolte di Alessandro Brambilla e di Giuseppe Radlinski. Aprono l’esposizione alcune tele in deposito dalla Pinacoteca di Brera, come la Presentazione al Tempio di Camillo Procaccini e la Santa Marta con il drago di Carlo Francesco Nuvolone. Seguono esempi di pittura del Seicento di varia provenienza, tra cui opere della cerchia di Daniele Crespi, Francesco Cairo, Nuvolone e nature morte attribuite a Van Kassel e Hupin. Testimonianza del collezionismo pavese di età illuministica sono, invece, due magnifici bozzetti a monocromo di Alessandro Magnasco (1666-1740), il Soldato morente confortato da un frate e il Seppellimento di un frate. Opere di rilevanza fondamentale sono infine L’autoritratto e la Testa di orientale di Giandomenico Tiepolo (1727-1804) e le due tele di Pietro Antonio Magatti, provenienti da chiese pavesi.