Il Museo di Villa Cagnola è una collezione privata che contempla numerose opere tra le quali diverse tavole di pittori toscani e veneti del Trecento e Quattrocento e lombardi del Quattro e Cinquecento: Ercole de' Roberti, Jacopo Bellini, Carpaccio, Bergognone, Bernardino Luini, Marco d'Oggiono. Nell'ambito della pittura del Sei e Settecento spicca con importanti opere il veneziano Francesco Guardi.

Comprende anche una delle più ricche e complete collezioni di ceramiche, maioliche e porcellane europee ed orientali. Gli arazzi della Collezione Cagnola sono 21, tutt'ora distribuiti tra le sale del Museo e l'invaso dello scalone, come si presentavano ai visitatori della villa, quando ancora la abitava Guido Cagnola. È una raccolta ampia e varia per stili e temi, da annoverare tra le principali del genere in Lombardia, e comprende arazzi di fattura fiamminga (tranne uno di provenienza francese), databili dall'inizio del XVI alla prima metà del XVIII secolo.