Attraverso l'antico chiostro della Chiesa di S. Maria della Verità si accede all'annesso convento che ospita l'attuale Museo Civico recentemente riaperto al pubblico. Si accede al Museo attraverso il chiostro, ricco di sarcofagi del III sec a.C. e di reperti archeologici; da qui si accede al Museo.
Al primo piano è collocata la pinacoteca. Nelle prime due sale sono esposte le opere dal XII al XIV secolo, tra cui due dipinti di Sebastiano del Piombo: la celebre Pietà del 1516 - 1517, tavola di cupa e severa drammaticità, e la Flagellazione del 1524. La sala seguente è dedicata al XV-XVI secolo; tra le opere di rilievo, due sculture in terracotta policroma della bottega di Andrea della Robbia. La quarta sala ospita opere di artisti del XVI-XVIII secolo, tra cui Cesare Nebbia, Aurelio Lomi, Salvator Rosa, Pietro da Cortona. Nell'ottava sala si può ammirare il grandioso Presepe, pala d'altare di rilevanti dimensioni e dalle interessanti soluzioni prospettiche, realizzata nel 1488 dal pittore viterbese Antonio del Massaro detto il Pastura, allievo del Pinturicchio e del Perugino.
Al secondo piano sono esposti oggetti di interesse storico, come i cinquantasei bozzetti settecenteschi della Macchina di Santa Rosa. Presenti anche le copie del XVII secolo di alcuni affreschi perduti di Benozzo Gozzoli con Storie della vita di Santa Rosa da Viterbo, una raccolta di vasi da farmacia del XVII-XVIII secolo e una collezione di monete.
