La chiesa è parte della più estesa struttura dell'ospedale dei Battuti, che comprendeva anche una chiesa più antica, di cui rimangono lacerti di antichi affreschi del XIV secolo.

Il portale fu realizzato da Giovanni Antonio Pilacorte nel 1493; gli stipiti sono intagliati con motivi floreali e medaglioni con i santi Vito e Modesto, protettori della città. Nella lunetta si possono vedere altorilievi con una Annunciazione sormontata da un Padre Eterno e contiene il bassorilievo della Madonna della Misericordia.

Il presbitero è completamente affrescato con le Storie di Maria, lavori del pittore Pomponio Amalteo, che divennero famosi in breve tempo e furono anche citati dal Vasari. Ai lati dell'arco che conduce al presbiterio ci sono le raffigurazioni di Davide, a sinistra, e di san Paolo, a destra, sempre affrescati dall'Amalteo.

L'altare con le statue della Beata Vergine e dei santi Pietro e Giovanni Battista è opera di Pietro Baratta del 1707; gli altorilievi del paliotto raffigurano la Madonna della Misericordia che offre riparo ai membri della Confraternita sotto il suo mantello. Ai lati si possono vedere la Natività, la Circoncisione e putti musicanti. La chiesa è ora sconsacrata e viene utilizzata come sede di mostre.