Il museo è nato alla fine degli anni Sessanta, con la formazione di diverse raccolte d'interesse archeologico, geologico e paleontologico da parte di studiosi e volontari locali. Nel 1992 è di proprietà comunale e dal 2002 è collocato nel Castello delle Rocche, dal quale proviene la grande Aquila Estense, in terracotta (sec. XVI), esposta nella sala d'ingresso. E' possibile osservare lungo il percorso reperti di epoca preistorica e d'età romana, collezioni numismatiche e campioni di minerali, rocce, fossili, vertebrati e invertebrati. Completa la visita una raccolta di interesse etnografico.

La raccolta archeologica, ricca di oltre milleduecento oggetti, conserva numerosi reperti preistorici, tra i quali selci e vasellame provenienti da una vicina terramara, nonché ceramiche domestiche, mattoni manubriati, esagonette pavimentali e tessere musive d'età romana, databili prevalentemente al I secolo d.C. Nel patrimonio museale si annovera una ricca collezione numismatica di circa quattrocento esemplari. Frammenti ceramici epoca compresa tra il XV ed il XVII secolo sono stati recuperati nel corso di scavi effettuati nel centro del paese, sul sito del monastero di Santa Chiara e del castello.

Da ricordare l'esposizione ceramica di produzione locale dal XVII al XIX. sec. Seguono poi la raccolta geologica, con oltre ottocento reperti, quella paleontologica e quella malacologica. Vi sono campioni di minerali, rocce e fossili-vegetali, vertebrati, invertebrati di valenza nazionale ed estera. D'interesse etnografico, infine, è la raccolta formata da Antonio Simoni, governatore dell'Etiopia dal 1936 al 1938 di recente donata al museo, comprendente numerose armi bianche dal Seicento all'Ottocento, oltre ad oggetti della tribù etiope Sidamo.

La Sezione del Territorio ha sede presso la Sala Autocorriere in viale Stazione 2.