Le collezioni sono esposte in due diverse sezioni: la sezione museale, contenente reperti archeologici ed artistici, e la sezione dei luoghi alfonsiani che custodisce oggetti che ricordano gli anni in cui Sant'Alfonso Maria de Liguori fu vescovo della città.

La sezione museale è ubicata presso la chiesa della Madonna del Carmine nella piazzetta omonima. Vi sono conservati diversi reperti anche molto antichi come una lastra paleocristina del V-VI secolo ed una lastra tombale dell'abate Antonio di Tramonto del 1361. Tra i dipinti esposti è presente una Pietà tardogotica attribuita a Silvestro Buono, una cacciata di Agar e Ismaele (1670-80) ed una Annunciazione del Giaquinto (1702).

La sezione dei luoghi alfonsiani è ubicata presso un'ala del palazzo vescovile in piazza Umberto I. Il percorso museale si articola nel cortile interno (dove è sito un lapidario) e negli ambienti che furono abitati da Sant'Alfonso. Vi sono conservati: un affresco staccato del Calise raffigurante la obbedienza del clero al vescovo (1614), la povera sedia episcopale usata dal santo quando dava udienza, alcuni trattati ed i testi dei processi di beatificazione e canonizzazione.