Il museo narra la storia dell’isola nel periodo del suo massimo splendore, all’epoca degli imperatori Augusto e Tiberio, attraverso un percorso di otto sale. Questo percorso espositivo presenta 120 oggetti e opere d’arte, tra cui pregiate sculture in marmo, affreschi, vasellame in ceramica e argento, ed elementi architettonici. Il cuore dell’esposizione è costituito dai reperti rinvenuti sull’isola, precedentemente conservati nei depositi della stessa Certosa e del Museo Archeologico Nazionale di Napoli, ora riuniti e resi accessibili al pubblico. Il racconto museale è arricchito da numerosi oggetti della stessa epoca, provenienti principalmente dall’area campana e custoditi nei depositi del Parco Archeologico dei Campi Flegrei, del Parco Archeologico di Paestum e Velia, del Parco Archeologico di Ostia Antica.

Nel segno dell’accessibilità sono stati progettati dei supporti multimediali, fra cui uno schermo touchscreen che, partendo da un modello tridimensionale dell’isola, permette di esplorare le dodici ville imperiali ricordate dalle fonti antiche e di ripercorrerne la storia, lo scavo e in alcuni casi la fortuna nelle arti. L’intero allestimento è stato pensato per mettere in evidenza il rapporto continuo e simbiotico con il mare, l’elemento per eccellenza che definisce Capri, e che è visibile da ogni sala del museo fino addirittura a diventare un elemento che con la linea dell’orizzonte definisce l’esposizione dei reperti.