Allestito al secondo piano di Palazzo Querini Stampalia, il Museo deve le sue raccolte alle collezioni artistiche formatesi nel corso della storia della famiglia a cui si sono affiancate acquisizioni e donazioni intervenute dopo la nascita della Fondazione.

Il museo contiene arredamenti settecenteschi e neoclassici, sculture e oggetti antichi, nonché una collezione di dipinti che vanno dal XIV al XX secolo, posti in sale adorne di vecchi specchi e lampadari in vetro di Murano, ricreando l'ambiente della prestigiosa dimora dei Querini Stampalia.

Tra gli artisti rappresentati, molti di scuola veneta, si ricordano Giovanni Bellini (Presentazione al Tempio), Lorenzo di Credi, Giambattista Langetti, Jacopo Palma il Vecchio, Bernardo Strozzi, Marco e Sebastiano Ricci, Giuseppe Salviati, Giambattista Tiepolo, Pietro Longhi, Jacopo Guarana, Gabriel Bella e Antonio Canova.