Edificata dagli Eremitani di Sant'Agostino nel XIII° secolo, fu ricostruita un secolo dopo; successivamente alcune aggiunte costruttive e decorative la resero uno dei migliori esempi di architettura gotico-fiorita veneziana. Sulla facciata trecentesca in mattoni si evidenzia il superbo portale marmoreo, opera di Bartolomeo Bon.
L'interno è a tre navate divise da colonne che sostengono slanciati archi acuti; il soffitto, di grande effetto, è a carena di nave, mentre nel presbiterio si può ammirare il magnifico coro ligneo intarsiato del 1488.
La sacrestia colleziona un vero e proprio museo di grandi nomi del Rinascimento veneziano. Alle pareti laterali troviamo l'Ultima Cena (1579-80), la Resurrezione (1565 ca), Cristo che lava i piedi agli apostoli (1579-80) e l'Orazione nell'orto (1579-80) di Jacopo Tintoretto, opere coeve a quelle realizzate per la Scuola Grande di San Rocco, oltre ad una Sacra Famiglia con Santa Maria Maddalena e Santa Caterina (1528-30) di Bonifacio de' Pitati. Di rilievo inoltre i San Nicola di Bari e San Lorenzo (1475 ca) di Bartolomeo Vivarini che affiancano una Crocifissione (1775 ca) di Giuseppe Angeli; sopra il Martirio di Santo Stefano (1630 ca.-1638) di Sante Peranda. In controfacciata possono esser ammirate La fuga in Egitto, l'Adorazione dei Magi e la Strage degli Innocenti (1733) di Gaspare Diziani.
Dalla sacrestia si accede a un piccolo chiostro in cui è allestito un museo delle sculture della chiesa. Fra queste ricordiamo il busto-rilievo di Giovane santo (1455-1532) di Tullio Lombardo, i Sant'Andrea e San Girolamo (1476-1480 ca.) di Pietro Lombardo ed aiuti e il bellissimo rilievo La Stele funeraria del Senatore Giovanni Falier di Antonio Canova (1808).
Si consiglia di verificare la corrispondenza degli orari di apertura contattando direttamente la struttura.