La nascita e la prosperità di questa chiesa durante i suoi albori furono garantite da due figure storiche importanti: il Doge Giustiniano Partecipazio e l’imperatore orientale Leone V; alla morte del primo, per volontà testamentale vennero lasciate al convento la maggior parte degli averi del defunto. Anche Leone V sembra abbia sostenuto economicamente la costruzione del tempio, si racconta inoltre che per sua volontà venne inviato a Venezia il corpo di San Zaccaria, sepolto all’interno della chiesa che da esso ne prende il nome.

La chiesa attuale è opera quattrocentesca di Mauro Codussi, a tre navate, con volte a crociera, presenta una facciata tripartita da colonne binate e aperta da numerose finestre, in numero decrescente dal basso verso l'alto, sovrastate dal grande timpano ad arco sormontato dalla statua di San Zaccaria. Le opere di decorazione in pietra sono dovute a Antonio Gambello e Luca Taiamonte.

Al suo interno le sepolture di molti dogi e opere di notevole pregio tra cui i polittici intagliati da Ludovico da Forlì (XV secolo) ed una pala del 1505 opera di Giovanni Bellini, Madonna in trono col Bambino e santi e dipinti raffiguranti l'Adorazione dei Magi e l'Adorazione dei Pastori e la Visita annuale del Doge alla Chiesa nel giorno di Pasqua. Sulla parete interna della facciata vi sono quattro opere di Antonio Vassilacchi detto l'Aliense. Nei lunettoni alle pareti, un ciclo risalente agli anni '80 del Seicento, composto da 8 opere di Andrea Celesti, Giovanni Antonio Fumiani, Daniel Heintz, Antonio Zanchi, e Antonio Zonca, illustra, caso praticamente unico, le vicende storiche e mitiche del monastero e della chiesa di San Zaccaria. All'ingresso sinistro del deambulatorio è la tomba di Alessandro Vittoria, scolpita dall'artista stesso.