Il museo è allocato nell'edificio detto "Palazzo Liviano", la sede storica della ex Facoltà di Lettere e Filosofia, progettata nella seconda metà degli anni "30 del Novecento dall'architetto Gio Ponti.

Nella sala dedicata alla collezione benavidiana, l’esposizione privilegia alcuni filoni collezionistici  presenti nell’originaria raccolta quali il ritratto antico e all’antica e i bozzetti e i modelli di bottega di artisti contemporanei al collezionista Marco (sec.XVI), quali Bartolomeo Ammannati e Alessandro Vittoria, o precedenti di una generazione, come Donatello.

L’esposizione inizia proprio con i bozzetti dei tre artisti sopra nominati per passare poi alle produzioni di bottega (terrecotte, marmi e bozzetti rinascimentali, piccoli marmi antichi) e giungere al tema principale della raccolta, il ritratto antico e all’antica che illustra personaggi illustri dell’antichità romana, imperatori e divinità. L’esposizione termina infine con la scultura antica. Tra i manufatti più interessanti una statuetta votiva di Atena, originale d'arte greca di IV sec.a.C. e una buona copia antica in marmo dell'Eros che allenta l'arco di Lisippo (originale datato al 338-335 a.C.).

La seconda sezione ospita, in 12 salette, un ’ ampia rassegna crono- tipologica di materiali d'uso quotidiano. In particolare vi trovano posto ceramiche, piccole sculture, statuine fittili e bronzetti da varie regioni mediterranee (Egitto, Cipro, Grecia, Italia). Particolare interesse rivestono la ceramica greca nelle sue varie espressioni cronologiche e di ambito di produzione (dalla ceramica corinzia alla ceramica attica, alle varie produzioni magnogreche sino alla tarda ceramica altoadriatica), le produzioni ceramiche italiche (Dauni, Messapi, Peucezi ma anche le produzioni locali venete), la ceramica etrusca, la terra sigillata romana. Infine una saletta è dedicata alle produzioni vetrarie di età romana.