L’itinerario museale si articola su tre livelli. Un primo livello è dedicato alle imbarcazioni fluviali e alle relative componentistiche: vi sono esposte le diverse tipologie di natanti, con i materiali e le parti in cui si suddividevano. Una seconda sezione è focalizzata sull’attività cantieristica e sui saperi gelosamente tramandati di generazione in generazione: vi sono conservati gli attrezzi e le tecniche costruttive utilizzati negli squeri.

Al secondo piano, una sala è dedicata alle mappe storiche con le principali rotte di navigazione e ai monumentali manufatti idraulici: da notare i diorami delle conche di navigazione (o “ascensori idraulici”), dei mulini galleggianti e dei ponti mobili di barche. Di sicuro interesse è la sezione relativa all’evoluzione dei mezzi di propulsione: dalla tecnica dell’attiraglio lungo le vie alzaie, alle vele, ai remi e ai primi esempi di motorizzazione (tra cui i primi rimorchiatori fluviali con ruote a pale).

L’ultima sezione illustra come si svolgeva la “vita di bordo”, quali erano le figure dell’equipaggio e gli strumenti necessari alla navigazione. Una sala “immersiva” racconta attraverso una serie di evocativi filmati storici quale fu l’epopea dei burchi e dei barcàri. Il percorso di visita si conclude all’esterno, grazie a un percorso di “Realtà Aumentata” lungo gli antichi canali navigabili nel centro di Battaglia Terme.