Al secondo piano di Palazzo Zuckermann si trova spazio il Museo Bottacin, che ospita una collezione, prevalentemente numismatica, donata dal mercante triestino Nicola Bottacin alla città di Padova nel 1865. Le sale richiamano idealmente gli ambienti della villa triestina del Bottacin. Vi trovano posto quadri, mobili, armi antiche, sculture.

Una intera sezione è dedicata agli oltre 20 mila pezzi della collezione di monete e medaglie, ordinati in successione cronologica, a partire da esemplari di epoca preromana, per passare a emissioni di epoca repubblicana e imperiale, a monete medioevali e a monete di epoca veneziana, di cui la collezione Bottacin è una delle più complete al mondo.