Il primo documento relativo alla chiesa dei Santi Cristoforo e Luigi che ci sia pervenuto risale al 1243, quando il Vescovo di Concordia Federico di Prata e Porcia la affida ai monaci Crociferi del Priorato di Santa Maria di Venezia perchè vi istituiscano, secondo le consuetudini del loro ordine, un convento e un Hospitale. Nel documento si dispone inoltre che il Priore di questo nuovo convento rivesta anche la carica di Curato della parrocchia cittadina di Portonovo.
I lavori di restauro e gli scavi che hanno interessato l’edificio tra il 1981 e il 1983 hanno tuttavia messo in luce strutture murarie e resti di pitture a fresco che consentono di attestare per la chiesa una fondazione più antica, da riferire almeno ai secoli X o XI. Conserva al suo interno un affresco, raffigurante San Cristoforo e Sacra Famiglia, opera di Pomponio Amalteo (1532).
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