Il Museo Civico di Santa Croce è stato inaugurato nel dicembre del 1998 ed ha sede nella chiesa di Santa Croce, officiata fino agli anni settanta del Novecento, consolidata e compiutamente restaurata in occasione della realizzazione del museo. E’ il risultato di complesse vicende costruttive: sull’area in cui sorge esisteva già nel XIII sec. una piccola chiesa dedicata ai Santi Pietro e Paolo che doveva fungere da oratorio per la confraternita dei Disciplinati di Santa Croce, vari ampliamenti si ebbero nel corso del ‘400 e intorno alla metà del secolo successivo, fino ad arrivare nella prima metà del ‘600 alla forma e alle dimensioni attuali, al XVIII sec. risalgono invece la facciata e il rifacimento degli altari laterali.

L’opera di maggior prestigio qui conservata è la pala della Deposizione dipinta da Luca Signorelli nel 1516, l’unica, fra i tanti lavori del maestro cortonese, che si trovi ancora nel suo sito originale. La stessa caratteristica, alquanto insolita per un museo, si verifica anche per i dipinti posti sugli altari laterali della chiesa stessa.

Altre opere provenienti dalla vicina chiesa di San Francesco, tra cui una tela di Niccolò Circignani detto il Pomarancio, sono state sistemate in ambienti contigui, predisposti anche in vista di ulteriori acquisizioni.