Il "Museo della Città" è costituito dall'ex chiesa dell'Assunzione della Vergine e di San Giuseppe e dal piano terra dei Bottini dell'olio, i quali sono stati collegati tra loro da un nuovo corpo di fabbrica, che si inserisce nel vuoto venuto a crearsi nel secondo dopoguerra a seguito della demolizione del complesso delle cosiddette "Case Pie".

Al piano terra dei Bottini sono ospitate le collezioni cittadine, originariamente conservate nei depositi del Museo civico Giovanni Fattori e della Biblioteca Labronica; si tratta di circa seicento oggetti d'arte, oltre alle collezioni numismatiche e archeologiche, che ripercorrono la storia della città. Il percorso si muove dai reperti archeologici, prevalentemente d'età etrusca e romana, che provengono in gran parte dalla collezione che Enrico Chiellini donò al comune di Livorno nel 1883. La sezione medievale, dove sono esposti documenti redatti su pergamena e affreschi provenienti dall'Eremo di Santa Maria alla Sambuca, precede quella dedicata alla fondazione della città alla fine del Cinquecento, e al suo sviluppo, fortemente legato alle varie comunità nazionali che la animarono, tra i secoli XVII e XIX, con una sezione dedicata al Risorgimento. Vi sono inoltre spazi destinati ai principali artisti livornesi (da Leonetto Cappiello a Pietro Mascagni), al cinema, alla cucina e alla satira.

La sezione di arte contemporanea è situata presso la chiesa dell'Assunzione e nei nuovi volumi ricavati in adiacenza. Vi sono esposte opere di Piero Manzoni, Emilio Vedova, Pino Pascali, Tancredi Parmeggiani, Giuseppe Uncini, Enrico Castellani, Vincenzo Agnetti, Giulio Paolini, Emilio Isgrò, Gianfranco Baruchello, Mino Trafeli ed altri ancora.