Il museo è inserito nel complesso dei Loggiati di San Domenico, che si sono sviluppati nell'arco di diversi secoli. Era usato come frantoio fino alla sua musealizzazione, avvenuta nella primavera del 2000.

Il museo documenta la storia antica del territorio sanminiatese dal periodo preistorico a quello medievale. Illustra inoltre la storia del borgo di San Genesio, sorto lungo la via Francigena e distrutto alla metà del XIII secolo.