Il Museo, che ha una valenza prevalentemente didattica, documenta gli aspetti caratteristici del paesaggio dell'Appennino del Mugello. L'apparato espositivo è articolato in tre sezioni: nella prima si presenta la storia della Badia di Moscheta, all'interno della quale è ospitato il Museo; nella seconda la flora, la fauna, la storia degli insediamenti umani e la società dell'Appennino; nella terza le epoche storiche significative per le modificazioni e l'uso del territorio. Un laboratorio didattico e itinerari nella campagna circostante permettono di approfondire gli aspetti trattati dall'allestimento.