L'edificio è la principale sede espositiva di Certaldo e durante l'arco dell'anno ospita mostre di vario genere, convegni, seminari e spettacoli teatrali. Inoltre il museo permanente è costituito dal palazzo stesso che conserva all'interno opere di Pier Francesco Fiorentino e gli affreschi del tabernacolo dei giustiziati realizzati da Benozzo Gozzoli e la sua bottega. All'interno della struttura si conserva una sezione dedicata ai reperti archeologici romani ed etruschi rinvenuti nei dintorni.

Museo della Giustizia, ovvero un percorso museale che racconta come dal 1415 al 1784, ben 707 vicari, figure di spicco delle più nobili famiglie fiorentine, abbiano amministrato da qui la giustizia civile e penale in Valdelsa, Val di Pesa e parte del Valdarno.