Il Museo ospita una serie di reperti che illustrano come la storia dell'Isola d'Elba sia andata di pari passo con lo sfruttamento dei delle risorse minerarie. Infatti all'interno del Museo, attraverso le testimonianze archeologiche, è possibile ripercorrere la storia, dal III millennio a.C. fino al medioevo, della parte orientale dell’Elba, fortemente legata alla presenza dei giacimenti minerari. Tra i materiali più antichi sono presenti: i corredi funerari eneolitici della vicina Grotta di S. Giuseppe e quelli provenienti dalla collezione ottocentesca di Raffaello Foresi.

Nel 2008, per integrare il percorso museale, sono stati aggiunti i preziosi minerali della Collezione della Gente di Rio, messi a disposizione dai minatori e dalle loro famiglie per testimoniare anche il duro lavoro della vita in miniera. Si tratta di circa 200 esemplari che mostrano la estrema varietà e ricchezza della geologia dell'isola d'Elba.