Situato al primo piano del complesso museale del Conservatorio di Santa Chiara, il Museo Archeologico contiene reperti etruschi, romani e medievali. L'importantissima collezione, proveniente dal territorio comunale, illustra la storia materiale di San Gimignano e delle tecniche costruttive usate, nei diversi periodi, per la realizzazione di contenitori in ceramica e in vetro. al negozio interno, sono ireperibili le riproduzioni di alcuni degli oggetti esposti.

Nel museo sono raccolti i reperti provenienti, soprattutto, da Ranza e Cellole, oltre agli oggetti di uso comune (piatti, vasi, fibule, collane) sono esposte le urne cinerarie di tipo Volterrano con la figura del defunto sdraiato che tiene in mano il piatto con l'obolo da pagare per il traghetto all'oltretomba.