La costituzione di un Museo archeologico a Campi Bisenzio si inserisce in un più ampio progetto di collegamento tra l’area archeologica con parte dell’insediamento etrusco in corso di scavo, la realizzazione presso il Mulino di Gonfienti di un centro per la diagnostica, il restauro, lo studio, la documentazione e valorizzazione del sito di Gonfienti e del territorio circostante, oltre alla previsione di itinerari ciclo pedonali che mettano in relazione i tre poli al fine di garantire la valorizzazione del sistema nel suo insieme.

Le sezioni dell'esposizione museale sono tre suddivise nelle diverse epoche in cui il territorio di Gonfienti è stato stabilmente abitato: età del bronzo, età etrusca ed età romana.

Dall'ingresso di Via Roma, si accede al bookshop-biglietteria, con notizie storiche riguardanti la Rocca Strozzi; attraverso una galleria informativa, si scende alla sala dell'età del Bronzo quando Gonfienti era uno dei più estesi villaggi della Toscana settentrionale abitato stabilmente dal XVI al XIII secolo a.C.

La sala dell'età etrusca è collocata nella ex tinaia, dove sono conservati i reperti risalenti a quell'epoca con una suggestiva ambientazione. E' stata infatti ricostruita una porzione di tetto di un esteso edificio residenziale che copre una grande teca contenente i reperti. In età etrusca arcaica, tra VI e V secolo a.C., infatti sulla riva destra del Bisenzio venne fondata una nuova città caratterizzata da un progetto urbanistico innovativo, con funzione di controllo sul territorio, sulla viabilità e sugli scambi commerciali. Completano l’allestimento di questo spazio pannelli esplicativi della sezione e due strutture che ricostruiscono in scala una porzione dell'edificio residenziale e il territorio della piana intorno a Gonfienti.

Di notevole suggestione è la grande vetrata trasparente che affaccia sul lato del fiume Bisenzio, che mette in relazione interno ed esterno, antico e presente, con lo scorrere delle acque così essenziali alla vita e allo sviluppo di tutto il territorio.

Un ulteriore locale è adibito a sala convegni e all'esposizione dei reperti riguardanti le frequentazioni di età romana, corredato da un pannello con una porzione della "tabula peutingeriana”, l’antica carta romana che mostra la viabilità dei territori dell’Impero dato che in quel periodo Gonfienti visse una nuova stagione per la presenza della via di grande comunicazione Cassia Clodia e delle strutture logistiche che dovevano affiancarla.