La mostra permanente Memorie sommerse occupa i due piani della fortezza ed è allestita al fine di ripercorrere le varie tappe della ricerca archeologica subacquea, esponendo i vari reperti rinvenuti dagli anni sessanta ad oggi nel mare prospiciente le coste della Maremma, quale testimonianza delle intense attività commerciali lungo le rotte del Mediterraneo.

La mostra permanente Maestri d'ascia intende documentare la tradizione dei costruttori di imbarcazioni, perlopiù legate alle attività di pesca, che all'Argentario possono vantare una storia millenaria. L'arte della carpenteria navale viene illustrata al visitatore tramite un'esposizione di strumenti di lavoro e di modelli in scala delle tipiche imbarcazioni, dalle più antiche ai moderni pescherecci, e grazie all'ausilio di fotografie e pannelli esplicativi.