La struttura abbaziale originariamente fu edificata nell'architettura lombardo-cluniacense, di cui rimangono solo poche tracce. L'abbazia fu, infatti, oggetto nel corso dei secoli di diversi interventi manutentivi, di ristrutturazione e di ampliamento che ne hanno stravolto l'assetto originario di cui nulla è rimasto se non lo stile gotico interno, in netto contrasto filologico con l'aspetto neoclassico della facciata del 1830. Della chiesa originale del 1310 rimangono pochi muri e qualche capitello, nonché resti della tomba del santo fondatore, poi diventato l'altare maggiore della chiesa.

La struttura risale essenzialmente al periodo rinascimentale in cui furono eseguiti importanti opere di restauro, ivi compresa la costruzione del campanile, il quale dal 1826 porta sulla cuspide la statua girevole di san Giacomo. Dieci anni prima, la stessa torre campanaria era stata oggetto di un intervento di ristrutturazione che aveva comportato un aumento di altezza.

All'interno della chiesa, la parete destra del presbiterio ospita una serie di pannelli scolpiti che già corredavano il sepolcro di Alberto da Prezzate. In uno dei pannelli, il santo fondatore dell'abbazia è rappresentato in compagnia dei santi Benedetto e Giacomo alla destra di una mandorla contenente il Cristo Pantocratore, al quale san Michele offre l'anima di Alberto, da sottoporre alla pesatura raffigurata in un altro pannello.

Accanto alla chiesa sorge la stupenda sacrestia rinascimentale, d’ispirazione bramantesca, interamente decorata da un ignoto affrescatore bergamasco, che all’inizio del XVI secolo dipinse anche le lunette del chiostro superiore con medaglioni raffiguranti i papi appartenenti all’ordine Benedettino. Sul chiostro superiore, capolavoro dell’architettura rinascimentale lombardo-veneta, s’affaccia anche la sala capitolare, anche’essa affrescata nel medesimo periodo.