Al di sotto della basilica inferiore di San Clemente si trovano varie strutture romane. I resti più antichi sono quelli di un edificio a base rettangolare composti da muri in grossi blocchi di tufo. Il lato breve misurava 29,60 metri, mentre quello lungo, oltre una serie di piccoli ambienti, non è completamente scavato. Queste stanze, che si allineano sul muro esterno, sono larghe 4,30 metri e coperte da volta a botte in opera reticolata intervallata da laterizi (opera mista); nel senso della lunghezza sono tagliate dal muro di sostegno degli edifici soprastanti. In base alla tecnica edilizia questo edificio è databile all'inizio del I secolo a.C., prima del grande incendio del 64. Per Filippo Coarelli, queste stanze potrebbe essere una zecca, edificata dopo l'incendio della zecca del Campidoglio nell'anno 80.

Alla seconda metà del II secolo d.C. risale una seconda abitazione, posta alla spalle della prima, della quale non si conosce l'ingresso. In quello che era il pianterreno si contano quattro file di stanze, due delle quali hanno la volta decorata da stucchi; quattro sono anche i corridoi che circondano un cortile interno; uno scalone porta al piano superiore del quale resta solo il muro orientale e qualche parete. Forse il pian terreno era già a un livello sotterraneo, per cui l'ingresso forse si trovava al primo piano, come sembra suggerire anche la presenza della volta a botte nell'edificio di tufo, che sorreggeva il pavimento a questo livello.

Nel secondo quarto del III secolo il cortile della casa di epoca imperiale venne trasformato in mitreo: furono allora chiuse le porte che vi si affacciavano e venne creata una volta a botte col soffitto decorato da stelle, alludendo alla simbologia del mitraismo. In fondo venne creata una nicchia dove si trovava la statua del dio Mitra e venne collocato l'altare, ancora presente, con il Tauroctonia (il dio Mitra uccide il toro) sul lato principale e i dadofori Cautes e Cautopates sui lati. Lungo le pareti si trovano i consueti banconi in muratura dove sedevano i fedeli.