La prima pietra fu posta il 27 aprile 1109, stando al testo dell’epigrafe posta presso il loggiato delle benedizioni dell’episcopio. Il 1 settembre del 1157 fu consacrata la basilica inferiore o cripta, a cui seguì, il 9 settembre 1225, la consacrazione della basilica superiore.

All’innesto dei bracci della croce latina dell’aula basilicale si aprono a destra e sinistra le porte che, attraverso due scalinate, danno accesso alla cripta: la basilica inferiore della cattedrale si estende infatti per l’intera area del soprastante transetto.

Il complesso fu più volte rimaneggiato, prima nel XV secolo e poi tra il XVII e il XIX secolo. La compongono la chiesa superiore, la cripta e il battistero (del XIII secolo). L’interno, barocco, a croce latina a tre navate, presenta notevoli cappelle tra cui quella di S. Barbara, con la statua della santa, opera del 1657 di Giannantonio Mari su disegno di Gian Lorenzo Bernini, e l’elegante cappella. In fondo alla navata è l'elegante Cappella del Sacramento, ornata di stucchi di Gregorio Grimani da Stroncone (1635-37) e di affreschi di V. Vanenti. La cripta è medievale, con colonne di spoglio provenienti dalla città romana e, alle pareti, quel che rimane di affreschi trecenteschi.

La cripta si articola in un’absidiola ad emiciclo, a cui si accede attraversando un ambulacro suddiviso da nove navatelle. Queste sono scandite da sedici colonne, provenienti da edifici preesistenti: una di esse è un’antica colonna miliare della consolare Salaria che attraversava la città formandone il cardo ed il decumano maggiore.