Il percorso espositivo comprende i locali del battistero, le sagrestie della basilica inferiore, il lapidarium e la sala delle udienze del duecentesco palazzo papale. Presso l’aula di S. Giovanni in Fonte è esposto il fonte battesimale del XV secolo, ispirato al tema delle virtù teologali, accanto a opere della locale ebanisteria che raggiunse livelli di grande raffinatezza nel XIV-XVII secolo.

Nelle sagrestie della basilica sono custodite oreficerie della cattedrale e di numerose chiese del territorio, fra cui una collezione di 19 croci astili del XIII-XIX secolo.

Nel lapidarium si trovano i maestosi leoni in marmo di Carrara scolpiti sul finire del XII secolo e il coevo Angelo acefalo in travertino.

La pinacoteca conserva affreschi medievali e tele dei secoli XVII e XVIII, opera di interpreti dell’arte locale; altre opere documentano la pittura di ispirazione religiosa fra Ottocento e Novecento.