Il Complesso museale di San Francesco è un prestigioso museo dell'Umbria, grazie alla qualità dei materiali che compongono la raccolta e alla veste monumentale del complesso. Importante testimonianza della pittura rinascimentale dei secoli XV-XVI, è composto da: Chiesa di San Francesco, Pinacoteca civica, sezione Archeologica, cantine dei frati e spazi espositivi per mostre temporanee.

La decorazione pittorica conservata nella chiesa di San Francesco, documenta prevalentemente i secc. XV e XVI, e porta la firma di grandi artisti, quali Benozzo Gozzoli e Perugino tra i più importanti.

Il percorso espositivo del Complesso museale inizia con la Pinacoteca, dove sono conservate principalmente le opere mobili entrate a far parte del patrimonio comunale, in seguito alla soppressione delle corporazioni religiose del territorio. Lo spazio è organizzato in quattro sale, dove sono esposte in ordine cronologico opere datate tra il XVII e il XV sec.

La sezione archeologica è allestita nella cripta, posta sotto l'Abside della Chiesa di San Francesco. I materiali conservati, databili dal I secolo a.C. al XVI secolo d.C.