La chiesa venne fondata nel 1571, per poter ospitare una immagine della Vergine, in precedenza conservata nella Madonna della Stella, presso Porta San Gennaro, su di un colle che dominava il vallone della Sanità. Il tempio venne ricostruito dal 1587 da Domenico Fontana in forme più ampie, su commissione dei padri di San Francesco di Paola, dell'Ordine dei Minimi, ai quali era stato affidato. Numerosi rimaneggiamenti vennero attuati nel corso del XVII secolo.

L'interno, che si presenta a navata unica con cappelle laterali e volta a cassettoni, fu decorato, dopo i lavori di restauro successivi alle distruzioni del 1944, con opere provenienti da altre chiese distrutte, tra cui spiccano le sedici paraste di marmo commesso risalenti al 1665 e l'altare maggiore (che sostituì l'originario, disegnato dal Vaccaro) provenienti dalla chiesa di San Sebastiano (crollata nel 1941) e alcune tele di Pietro del Pò dalla Cappella Palatina di Castel Nuovo (Nascita della Vergine, Presentazione al tempio e Fuga in Egitto).

Sul fondo del presbiterio è esposta una pala di Battistello Caracciolo, raffigurante l'Immacolata e I Santi Domenico e Francesco (1607), unico dipinto salvatosi dall'incendio, in quanto originariamente collocato nella sacrestia; quest'ultima è in stile rococò secondo l'esecuzione di Luca Vecchione (1740-45).