Fu edificata nel 1348 assieme ad un convento di padri domenicani ed era dedicata a san Giovanni Battista. Fu eretta per volontà di Marco Michiel e consacrata il 17 settembre del 1417. Un gravissimo incendio la rase completamente al suolo nel 1474 e solo nel 1511 fu ricostruita così come appare attualmente.

L'edificio, completamente in mattoni "a vista", presenta una facciata divisa in tre parti, con portale cinquecentesco sovrastato da un grande rosone, che ne caratterizzano i tratti rinascimentali. Sul lato di sinistra sorge un portico ad archi e colonnine di stile gotico: ciò che rimane dell'antico chiostro della vicina chiesa di Santa Chiara. Sempre sulla sinistra spicca, imponente, il campanile, databile al 1498-1502.

L'interno è a pianta basilicale, a tre navate, divise da due file di massicce colonne, e con tetto a travi scoperti. Molto ampio è il presbiterio, coperto con volta a botte, affiancato da due piccole cappelle.

Un'opera che molti studiosi attribuiscono al Tintoretto, il Battesimo di Cristo, è visibile nella navata destra. Nella stessa navata sono ospitate anche due opere di Giovanni Bellini: Assunzione della Vergine e otto santi, risalente agli anni 1510-1513, e la pala Barbarigo raffigurante la Vergine col Bambino, due angeli musicanti, sant'Agostino e san Marco che presenta il doge Agostino Barbarigo; quest'ultima opera risale al 1488, e fu qui trasferita dalla chiesa di Santa Maria degli Angeli.

Nella cappella maggiore (presbiterio) si trovano le Nozze di Canaan e la Moltiplicazione dei pani e dei pesci, opere di Bartolomeo Letterini, e la Deposizione dalla Croce di Giuseppe Porta detto il Salviati. Dalla chiesa di Santa Maria degli Angeli proviene invece una tela di Paolo Veronese, il San Girolamo nel deserto, che si trova nella navata di destra, mentre su quella di sinistra si può vedere il quadro Sant'Agata in carcere visitata da san Pietro e un angelo, sempre del Veronese. inoltre troviamo opere di Palma il Giovane, Gregorio Lazzarini, Bernadino Licinio e altri.