Fu eretta nel 1494 su un edificio preesistente, dei francescani e che era stato utilizzato sino all'inizio del XV secolo come mausoleo della casata degli Este, prima che Niccolò III d'Este decidesse la costruzione della chiesa di Santa Maria degli Angeli.

Il progetto è tra le migliori realizzazioni di Biagio Rossetti. La facciata e il corpo basilicale presentano linee tipicamente rinascimentali, con le volute, ispirate a Leon Battista Alberti, e le lesene in marmo che spiccano sul cotto delle pareti.

L'interno a tre navate ha una pianta a croce latina e otto cappelle per lato. Nella prima cappella di sinistra è notevole l'affresco della Cattura di Cristo del Garofalo (1524). Nella stessa cappella l'altare ha un'ancona scolpita con Cristo nel Gestemani, con i ritratti dei donatori ad affresco.

Nel transetto sinistro si conserva un prezioso sarcofago romano di fattura ravennate risalente al V secolo ed in quello destro il mausoleo per Ghiron Francesco Villa. Il trittico dietro l'altare maggiore raffigura la Resurrezione, Ascensione e Deposizione di Domenico Mona (1580-1583). Nella chiesa trovarono sepoltura diversi membri della casata estense.