Dedicata a san Marco evangelista, fu costruita nel 336 da papa Marco e ricostruita nell'833 da papa Gregorio IV; la basilica mostra la decorazione barocca dovuta ai restauri del XVII e XVIII secolo. La facciata della chiesa costituita da una loggia per le benedizioni simile a quelle che avevano anche San Pietro e San Paolo, fu costruita nel 1466: è tradizionalmente attribuita a Leon Battista Alberti, anche se la storiografia recente generalmente accetta l'attribuzione al suo seguace Francesco del Borgo La loggia venne costruita e decorata con marmi sottratti al Colosseo e al Teatro di Marcello e a queste costruzioni si conforma.

L'interno, sebbene di chiara impostazione barocca, mantiene alcuni notevoli elementi di epoche differenti, a testimonianza della millenaria storia della basilica: il mosaico dell'abside, raffigurante papa Gregorio IV, con l'aureola quadrata dei viventi, che offre un modello della basilica a Gesù, alla presenza di san Marco evangelista, papa Marco e altri santi; gli affreschi con San Marco Papa e San Marco Evangelista sono del pictor papalis Melozzo da Forlì; il soffitto ligneo, recante incisi stemmi di papa Paolo II, è l'unico soffitto ligneo del XV secolo preservato a Roma, assieme a quello di Santa Maria Maggiore; Pier Francesco Mola tra il 1651 e il 1656 partecipa alla decorazione della chiesa di San Marco con il quadro del 1655 raffigurante San Michele che scaccia Lucifero e l'affresco con Il martirio dei santi Abdon e Sennen; gli altorilievi in stucco rappresentanti San Giacomo Maggiore che battezza Ermogene, San Filippo che battezza l'eunuco, la Vocazione di san Matteo, l' Incredulità di San Tommaso, San Giacomo Minore, San Paolo e il mago, realizzati da Carlo Monaldi su disegni di Clemente Orlandi la tomba di Leonardo Pesaro (1796), opera di Antonio Canova; nella terza cappella della navata destra si trova l'Adorazione dei Magi di Carlo Maratta.