Il Museo dell'Ateneo di Messina raccoglie numerose opere d’arte, collezionate da Rettori che ne furono raffinati intenditori, come ad es. Salvatore Pugliatti e Guglielmo Stagno d’Alcontres. Il patrimonio museale comprende una ricca pinacoteca con numerosi pregevoli dipinti, dal sec. XVI al XX, reperti archeologici, ceramiche antiche di fabbriche italiane e spagnole (la Collezione ‘Cesare e Doris Zipelli’), una rilevante raccolta numismatica con monete dall’età antica al Settecento (la Collezione ‘Bartolo Baldanza’), oltre a diplomi di laurea dell’antico Studium messinese e altri documenti relativi alla storia dell’Università di Messina.