Il Museo della Tonnara del Tono ospita due sezioni:

- Il settore Museo della Tonnara con fotografie, testi, oggetti ed attrezzature varie, e con l'integrazione di disegni schematici ed esecutivi e schede didattiche, con imbarcazioni tuttora esistenti integrate da piccoli modelli lignei di quelle scomparse, con ancore ed attrezzature impiegate nella pesca e nella lavorazione e trasformazione del pescato;

- Il settore Attività marinare: sezione con mappe, carte nautiche e di rilievo, disegni, elaborati progettuali, strumentazione nautica (bussole, sestanti). Aperta anche ai contributi delle varie associazioni ed esposizione dei reperti di archeologia subacquea.

I magazzini conservano intatto il fascino delle notevoli stratificazioni delle murature succedutesi nelle diverse epoche; la loro trasformazione, avvenuta più che altro in altezza, è oggi facilmente leggibile in più punti del fronte a mare. Occupano circa 1.000 metri quadrati e presentano ingressi sia sul fronte strada che sul lato mare, attraverso cui, un tempo, venivano introdotte e conservate le imbarcazioni usate per la pesca del tonno.