Il museo raccoglie numerosi reperti archeologici di notevole valore storico e artistico, ritrovati nella zona di Selinunte, tra i quali spicca l’Efebo, una rara fusione bronzea, alta 85 cm, raffigurante un giovinetto ignudo recentemente identificato in Dioniso (480 – 460 a. C.). Altri pezzi di notevole valore sono: la “Lex sacra”, una lamina di piombo con incisa, su due sezioni capovolte, una legge del V sec. a.C. che regolava i riti di espiazione per chi aveva commesso un parricidio; un cratere attico a colonnette (470 a.C.) e una stadera bizantina (V sec. d. C.). All’interno del museo sono esposte anche numerose monete e ceramiche greche, di vario tipo e provenienza.

Integra la visita al Museo, nella vicina ex chiesa degli Agostiniani, la mostra permanente “Selinunte immaginata”, che raccoglie le riproduzioni di come viaggiatori ed archeologi (tra il XVIII ed il XX sec.) hanno rappresentato, sia in modo ideale, sia in forma sempre più scientifica, l’antica colonia greca. La collezione contiene 3 Rostri recuperati dalla Soprintendenza del mare nei fondali delle isole Egadi risalente alla fine della prima guerra punica 241 a.C. tra i romani e i cartaginesi. Sono presenti altresì 20 anfore provenienti dai fondali delle Egadi risalenti al II° III° IV° secolo d.C.