Le raccolte archeologiche costituiscono il nucleo principale del Museo. Il criterio museologico adottato segue un ordine di carattere cronologico - topografico e raccoglie la documentazione relativa alla storia più antica della città di Modica e del territorio circostante. Il Percorso museologico si snoda in sette settori suddivisi in altrettante stanze espositive.

La sezione storico – artistica del Museo raccoglie un cospicuo numero di sculture realizzate dal grande maestro Enzo Assenza, inventore della ceramica metallizzata. A lui è stato dedicato un ampio spazio espositivo, che oggi ospita ben 17 splendidi esemplari donati al Museo dalla famiglia Assenza.